O Judeu conta a saga de um artista e sua família após seu julgamento pelo Tribunal do Santo Ofício, em Lisboa, para onde os infiéis eram levados. Antônio José e o irmão André tornam-se estudantes da prestigiada Universidade de Coimbra, mas quando o jovem completa 21 anos, novamente sua família é acusada de judaísmo. E, mais uma vez, a mãe, os irmãos e ele próprio enfrentam a prisão e a tortura das autoridades eclesiásticas, sendo porém colocados em liberdade, por falta de provas.