O Grande Exército da República, liderado pelos Mestres Jedi Yoda, Mace Windu, Obi-Wan Kenobi e outros jedis, deve lutar contra o Exército dos Separatistas, para defender a República e a estabilidade política da galáxia. Nos campos de batalha, eles enfrentam o ardiloso Dooku, o vingativo General Grievous, e a implacável Asajj Ventress. Nos bastidores, o Senador Palpatine manipula as coisas a seu favor.