Gon Freecss é um jovem que vive em Whale Island e que acaba descobrindo que seu pai, que acreditava estar morto, ainda vive e seria um dos maiores "Hunter" que existem, arriscando sua vida em busca de itens desconhecidos, como tesouros e criaturas exóticas. Motivado, Gon decide se tornar ele também um Hunter profissional, e deixa a ilha em que mora. Porém, o caminho não é fácil, e muitos desafios o aguardam nesse novo mundo.