Um OVNI se transforma em um enorme monstro alienígena com impressionantes poderes destrutivos. Godzilla é a única esperança para enfrentar a forma alienígena, apelidada de Orga, que acorda depois de ter passado 6.000 anos dormindo nas profundezas do oceano, e ameaça destruir Tóquio. O desafio para Godzilla é triplo. De um lado, precisa enfrentar a nave espacial, do outro, o alien criado a partir do seu próprio fator Regenerator G, por fim um impetuoso comandante que deseja destrui-lo a qualquer custo. Para enfrentar tantos problemas, ele conta com amigos: uma jornalista e um grupo de cientistas.