Baseado no anime 'Capitão Harlock e a Nave Arcadia' de Leiji Matsumoto, o filme mostra Harlock e sua tripulação de piratas espaciais como a última esperança da humanidade contra a corrupta coalizão Gaia, que comanda a galáxia e esconde a verdade sobre o destino do planeta terra. No meio disto está Logan, jovem irmão do governador e líder da frota Gaia, Ezra, que se infiltra na tripulação do Capitão Harlock com o objetivo de descobrir seus planos, mas em ambos os lados, nem tudo é o que parece ser.