O ano é 1630, durante o reinado de Tokugawa. Um dos três clãs ninjas que servem como segurança interna dentro do Castelo de Edo está sabotando todas as tentativas de Sua Excelência para gerar um herdeiro, e cabe ao pária ex-Yagyu-shinkage mercenário Shiinoda Toma desvendar o mistério. Armado com uma espada que vibra sempre que um poder ninja é usado, Toma investiga os clãs ninjas de Iga, Koga e Negoro e é atacado por habilidades ninja como troca de corpo, envenenar raios sanguíneos e transformar cortesãs em mulheres-peixe. Quando ele encontra a kunoichi femme-fatale Kageroi, um romance mortal floresce.