No futuro, a civilização humana foi destruída. Paradox viaja para o passado para prevenir sua existência eliminando a causa dessa destruição: Monstros de Duelo e seu criador. Os heróis das três gerações da série Yu-Gi-Oh!: Yugi Muto, Jaden Yuki e Yusei Fudo se reúnem então para um duelo final contra Paradox.