Um artefato chamado Arca de noé foi encontrado nas montanhas, esse artefato tem o poder de elevar seu portador ao status de Deus e varrer a humanidade da face da terra. Yu Ominae pode parecer um jovem normal de 16 anos, com um aspecto inocente e rosto de menino. Mas Yu esconde um passado sombrio e assustador. Esse jovem é o Spriggan número um da ARCAM (agente de elite). Movido pelo desejo, desespero, e lembranças confusas, ele é o agente dos agentes.