Ash, Brock e Misty chegam a cidade de Altimar, uma capital à beira-mar, marcada por seus símbolos: gôndolas e canais. Mas também pelas inúmeras lendas sobre seus deuses protetores, Latios e Latias, os pokémons gêmeos, ligados telepaticamente. E como os garotos logo descobrirão, muitas lendas tem um fundo de verdade, que está seriamente ameaçado pela presença de Oakley e Annie, duas agentes de elite, enviadas para roubar o tesouro da cidade.