Tensões estão crescendo em New Port City enquanto manifestações concernentes aos interesses de cartéis estrangeiros são realizadas. Isto leva a um tiroteio envolvendo a polícia de choque. Tudo começou com uma infecção no ciber-cérebro lançada pelo terrorista "Fire Starter". Uma unidade ofensiva independente conduzida por Motoko Kusanagi confia a supressão da situação a seus fantasmas e tem como objetivo sua própria justiça. Abaixo da superfície do acidente, encontram-se a "garota de lata" Emma e o "homem espantalho" Burinda Junior.