Jesse é um adolescente cuja vida foi modificada por sua amizade com a baleia Willy. Ele está passando o verão a bordo de um navio, auxiliando pesquisadores de baleias, incluindo Randolph Johnson, um velho amigo, e Drew Halbert, uma oceanógrafa. Jesse usa um teclado eletrônico para se comunicar com Willy, sendo que quando ele toca um sinal através do sistema submarino de som do navio descobre que Willy está agora criando sua família. Enquanto Jesse, Randolph e Drew estudam e ajudam as baleias, um garoto de dez anos, Max, está acompanhando John Wesley, seu pai, em um barco de pesca. Logo Max descobre que John e sua equipe não estão pescando salmão, como ele acreditava.